cj公司与zt公司因建设工程合同纠纷一案，本院于2004年11月30日作出的(2003)深中法民五终字第***号民事判决，已经发生法律效力。cj公司不服该判决，向本院申请再审。本院经复查决定再审。本院依法另行组成合议庭，公开开庭对本案进行了审理。cj公司的委托代理人***以及zt公司法定代表人***、委托代理人孙智峰、邵秋雯到庭参加诉讼。
本案现已审理终结。
原审查明：1992年8月11日，zt深圳总队与深圳市cj开发处签订《深圳市市政工程项目施工合同》，约定：cj开发处将a立交工程以包工、包料、包工期、包质量和包安全的方式交由zt深圳总队承建，承包金额按定标价(或议标价)为人民币5000万元;工程开工日期为1992年8月15日，竣工日期为1993年4月30日.如有特殊情况时工期按实际相应顺延;付款方式为合同生效后cj开发处先付25%的预付款即人民币1250万元，此后根据工程付款，当工程款支付达工程造价的95%时，不再按进度付款，而在办完交工验收后一个月内支付4%的款，留1%的款待保修期满后支付，结算拖欠工程款，每超过一天，按拖欠款的万分之三罚款;zt总队在单项工程竣工验收后二十天内将竣工工程资料送交cj开发处审核，送银行或市定额价格管理站审定;工程竣工验收后，zt总队负责保修一年。合同还具体规定了双方的其他权利、义务等。同年10月21日，双方签订《a立交工程补充协议》，约定暂定a立交排水工程造价人民币500万元，其它条款按原合同执行。同年ll月26日，双方签订《补充工程合同》约定：cj开发处将a立交电力、电信管线、配电室(土建)工程以包工包料方式交由zt总队承建，工程造价暂定356万元，工程竣工日期为1993年6月25日;付款方式为合同签订后cj开发处预拨25%即89万元的备料款，进度款按当月实际工程完成量支付，当支付工程款至总造价的95%时，停止拨款，待工程竣工，验收、移交后再按实际工作量结算。同年12月14日，双方就a路临时排水工程签订《工程合同》，约定工程造价为291 373元，付款方式为合同签订后由cj开发处一次付清。同年12月25日，双方就a立交的增加工程签订《工程合同》，约定工程暂定价350万元，付款方式为合同签订后cj开发处预拨60%即人民币210万元的备料款，待工程竣工、验收、移交后再接实际工作量一次结算。1993年3月11日，双方又签订《工程合同》，约定：cj开发处将a立交现场增加(签证)工程以包工包料方式交由zt总队承建，工程暂定价为220万元，工程竣工日期为1993年6月25日;付款方式为合同签订后cj开发处预拨30%即人民币66万元的备料款，进度款按当月实际工程完成量支付，当支付工程款至总造价的95%时，停止拨款，待工程竣工、验收、移交后再按实际工作量结算。l993年9月30日，上述工程竣工。l994年7月15日和l2月6日，zt总队、cj开发处会同设计单位、深圳市建设局、深圳市工程质量监督检验总站、深圳市人民政府城市管理办公室、深圳市城市建设档案馆对上述工程进行了验收，验收评定结果为工程合格，准予使用。1994年11月14日，zt公司、原深圳市ct公司与中国人民建设银行深圳市分行对上述工程造价进行审核，经审核确定a立交排水工程、电力管道及电讯管道工程造价为人民币l2309354元，a立交工程(土建部分)工程造价为人民币60338697元，合计审定上述工程造价为人民币72648051元。期间，cj开发处、ct公司共支付工程款人民币71044690元，其中，ct公司最后一次付款是在1995年4月21日，之后未再支付余款人民币1603361元。
另查，zt总队于l994年10月20日变更为zt公司即本案原告。cj开发处是于1990年11月1日由深圳市**工作组与深圳市**指挥部合并成立的政府工作部门，由深圳市建筑工务局领导，属事业单位。后根据深圳市机构编制委员会的文件，于1994年7月15日之后在cj开发处的基础上组建了ct公司(但未办理工商注册登记)，cj开发处也予以撤销。l995年12月25日，深圳市人民政府下发《关于调整我市市政工程建设管理机构的通知》，决定将ct公司由事业单位改组成市属全民所有制企业，行政上由市建设局代管。1996年4月30日，深圳市国有资产管理办公室向ct公司下发《关于深圳市ct公司申报工商注册报告的批复》，同意该司在尚未完成“由事业单位改组成市属全民所有制企业”的清产核资和交接工作前，可先以市属全资企业办理企业工商注册。l996年12月19日，经深圳市工商局注册登记，本案被告深圳市cj公司在原事业单位ct公司的基础上改组成立。
又查，1996年2月5日，深圳市人民政府办公厅就市长工作会议作出了《关于研究市政工程移交问题的会议纪要》，对已竣工项目要求ct公司做好工程结算并列出交接清单，等候政府委派的审计部门审计，审计结束后即向财政局和城管办分别办理移交固定资产及管理手续;对有关工程的债权债务问题，要求市建设局协助ct公司在对工程项目盘点审计后迅速解决。1996年2月16日，深圳市人民政府办公厅作出《关于对市政府投资的工程项目预决算审计问题的会议纪要》，明确在项目竣工决算阶段，由市审计局按照工作计划，选取少量的重点项目进行审计。同年4月29日，深圳市人民政府办公厅又作出《关于研究市政工程资金使用问题的会议纪要》，决定由计划、财政、国土下拨给ct公司分配的市政工程款，今后改为直接拨给市建设局，建设局应加强对工程款的监督使用，每项工程款的使用应由建设局、ct公司和施工单位三家商定后直接分配到施工单位;要求ct公司对以往和在建的市政工程的结算、审计工作要加快进程，尽快将审计结果和还款计划报市政府。1996年7月8日至1996年10月8日，深圳市审计局对包括本案a立交工程在内的**大道中心区的竣工决算进行了审计，其中，本案a立交工程审计造价为人民币65629725元。l996年8月26日，深圳市审计局向原告发出《关于a立交工程造价审计结果征求意见函》，要求原告将核对意见以书面形式在9月5日前予以答复。原告分别于l996年9月4日和9月12日向深圳市审计局作出书面答复函，不同意核减工程量，不同意该审计造价。1996年11月25日，深圳市审计局向ct公司下发了《关于**大道中心区竣工决算的审计意见》，该意见在所附工程造价审计情况累计表上详细列明了各项工程的审计造价，其中本案各项工程的审计造价合计人民币65629725元，该意见还指出了审计中发现的问题，并要求ct公司以审计的工程造价作为与施工单位进行工程结算的依据。1997年3月12日，深圳市审计局就上述审计情况，向深圳市人民政府报送了《深圳市审计局关于**立交桥及**大道中心区工程竣工决算审计情况的综合报告》，认为“审计机关的审计结论是客观公正的，具有权威性和强制性，被审计单位必须严格执行”。至此，双方对工程结算依据发生争议。被告cj公司于l996年12月19日成立后，也以审计意见为依据，认为原cj开发处和原ct公司多支付了原告工程款人民币5414965元，没有再向原告支付工程款。2000年10月，原告遂诉至本院。
再查，1998年3月5日，深圳建筑业协会向包括原告在内的各建筑施工企业发出《关于统计上报政府拖欠工程款的通知》，原告按要求填报了《政府工程拖欠工程款统计表》。l999年5月8日，原告向深圳市清理拖欠工程款工作领导小组办公室递交了《关于请求解决a立交工程决算遗留问题的报告》，说明其不认可深圳市审计局审计的决算造价，要求妥善解决a立交工程遗留问题。l999年7月1日，原告填报了《市政工程清理结算拖欠工程款登记表》，但该表与市清理办统一编制的“清理拖欠工程款登记表”并不一致，且该表记载制表单位为被告cj公司和清理拖欠工程款领导小组办公室。1999年9月20日，被告cj公司向市领导上报《关于要求执行“市政工程施工合同”有关条款问题的请示》，要求市政府领导尽快召开市清理拖欠工程款工作会议，对遗留的一系列问题以尊重历史，实事求是，公平公正为原则，提出确实可行的解决办法。2002年12月31日，深圳市人民政府办公厅印发了12月26日《关于协调zt公司工程款纠纷有关问题的会议纪要》，议定同意zt公司依照审计法的有关规定，提请省审计厅对核减工程款部分进行再审，双方均按省审计厅的再审结果执行，zt公司同时撤回对cj公司拖欠工程款的诉讼。2003年1月23日，原告向市领导、市建设局及被告cj公司就上述12月26日会议纪要发表声明：“鉴于双方在关键和重大问题上仍有比较大的分歧，难以达成共识，决定将保留自己的意见，依靠法律来解决与cj公司之间的纠纷。在最后的裁决作出之前，仍不排除和解的可能性。”2003年6月23日，深圳市人民政府办公厅《关于研究原cj开发处组织实施的政府工程遗留问题的会议纪要》，议定委托被告cj公司继续做好原cj开发处组织实施的政府工程遗留问题处理工作，以将该部分工程遗留问题彻底处理完毕。还查明，原、被告双方之间另一市政工程项目**路高架桥标段的工程结算造价，也经过了深圳市审计局的审计。在深圳市审计局出具的审计情况汇总表上，被告cj公司和原告zt公司也分别以建设单位和施工单位的身份于1999年3月8日和3月10日签字盖章，予以确认。
一审经审理认为，本案是建设工程施工合同纠纷。zt总队与cj开发处签订的《市政工程项目施工合同》、《a立交工程补充协议》、《补充工程合同》及三份《工程合同》，是双方当事人的真实意思表示，且不违反法律和行政法规的禁止性规定，应属有效，当事人各方均应严格履行合同约定的义务。本案争议焦点在于：一、被告主体是否适格?二、原告起诉是否已过诉讼时效?三、确认工程款是以建设银行的三算结论为依据，还是以审计局的审计结论为依据?
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